会社員でも確定申告が必要になるケースは？副業・2か所給与・年収2,000万円超を整理

会社員は勤務先で年末調整を受けるため、「自分は確定申告と無関係」と考えがちです。しかし、給与の受け取り方や副業の所得、勤務先以外からの収入によっては、会社員でも確定申告が必要になります。

2026年9月時点で確認できる国税庁の案内（令和8年4月1日現在の法令等）では、給与所得者について「給与収入が2,000万円を超える」「1か所から給与を受け、給与・退職所得以外の所得が20万円を超える」「2か所以上から給与を受け、一定の条件で年末調整されなかった給与などの合計が20万円を超える」といった基準が示されています。これらの主要な基準に大きな変更は確認できないため、本記事では現在も使える判断軸を中心に整理します。最新の公式条件は国税庁「給与所得者で確定申告が必要な人」で確認できます。

まず結論：会社員でも「年末調整だけでは税額が確定しない」と確定申告が必要になる

年末調整は、勤務先が主にその会社から支払った給与を基に所得税を精算する仕組みです。そのため、勤務先が把握していない所得が一定額を超える場合、そもそも年末調整の対象外になる場合、源泉徴収だけでは税額の精算が終わらない場合には、本人が確定申告を行います。

大切なのは、「会社員かどうか」ではなく、1年間の所得全体を見て年末調整で精算が完了しているかどうかです。次の表で、自分に近いケースを先に確認してください。

ケース1：年間の給与収入が2,000万円を超える

給与の年間収入金額が2,000万円を超える人は、勤務先で年末調整の対象にならないため、原則として自分で確定申告を行います。ここでいう2,000万円は「給与所得」ではなく「給与の収入金額」です。源泉徴収票の「支払金額」などを確認しましょう。

このケースでは、副業がなくても確定申告が必要になる点が重要です。「会社からしか収入を得ていないから申告不要」とは限りません。

ケース2：副業などの所得が20万円を超える

1か所から給与を受け、給与の全部が源泉徴収の対象となっている会社員では、給与所得と退職所得以外の所得金額の合計が20万円を超えると、原則として確定申告が必要です。

対象になり得るものには、業務委託の報酬、原稿料、講演料、フリマやネット販売による所得、不動産所得、一定の暗号資産取引による所得などがあります。ただし、所得区分や課税関係は取引内容によって異なります。

「20万円」は売上や入金額ではなく、原則として所得で考える

副業でよくある誤解が、「20万円の売上があれば申告が必要」という理解です。多くの副業では、収入から必要経費を差し引いた後の所得金額で判定します。

例えば、副業の年間売上が35万円で、その収入を得るために直接必要な経費が18万円なら、単純化した例では所得は17万円です。逆に売上が22万円でも経費が1万円なら所得は21万円となり、20万円を超えます。必要経費にできるかどうかは支出内容や所得区分によって判断が変わるため、領収書や利用目的を残しておくことが大切です。

20万円以下でも、別の理由で確定申告するなら申告に含める

給与以外の所得が20万円以下なら、一定条件の会社員は所得税の確定申告を省略できます。しかし、この制度は「20万円以下の所得を申告書から除外してよい」という意味ではありません。

たとえば医療費控除を受けるために確定申告をする場合は、20万円以下の副業所得も含めて申告する必要があります。国税庁もこの点を「給与所得者で確定申告が必要な人」のQ&Aで明確にしています。

ケース3：2か所以上から給与を受けている

本業の会社に加えてアルバイト先などから給与を受け取っている場合も注意が必要です。2か所以上から給与を受け、その給与の全部が源泉徴収の対象である場合、原則として「年末調整されなかった給与の収入金額」と「給与所得・退職所得以外の所得金額」の合計が20万円を超えると確定申告が必要です。

なお、2か所給与には例外判定もあります。国税庁では、給与収入の合計から一定の所得控除を差し引いた残額が150万円以下で、さらに給与・退職所得以外の所得が20万円以下の場合は申告不要とする注記を示しています。自分で判定しにくい場合は、源泉徴収票を2枚とも用意して国税庁の条件と照合すると安全です。

ケース4：源泉徴収されない給与を受け取っている

国外の親会社など、源泉徴収義務のない支払者から給与を受けるケースでは、金額が20万円以下でも「20万円以下なら申告不要」という仕組みがそのまま使えないことがあります。

国税庁は、国内勤務先の給与が年末調整済みであっても、外国親会社から源泉徴収の対象とならない給与を受けている事例では、所得税法上の要件を満たす限り確定申告が必要と説明しています。海外企業から報酬や給与を受けている人は、単純に20万円基準だけで判断しない方が安全です。

ケース5：同族会社の役員で、会社から給与以外の支払いを受けている

同族会社の役員や一定の関係者が、その会社から給与以外に貸付金の利子、店舗・工場などの賃貸料、機械・器具の使用料などを受け取っている場合、これらの所得が20万円以下でも確定申告が必要となる場合があります。

役員として勤務しているオーナー企業や家族経営会社では、個人と会社の取引を「少額だから申告不要」と自己判断しないことが重要です。詳細は国税庁「同族会社の役員で確定申告の必要な人」で確認できます。

「必須ではないが、確定申告した方がよい」代表例

確定申告には、税金を納めるための申告だけでなく、払い過ぎた所得税の還付を受けるための申告もあります。次のケースは「会社員だから申告義務が発生する」というより、控除を適用するために申告を選ぶ場面です。

• 年間の医療費が一定条件を満たし、医療費控除を受けたい
• 住宅ローン控除を初めて受ける年である
• 年末調整で反映できなかった寄附金控除や所得控除がある
• 年の途中で退職し、年末調整を受けておらず、源泉徴収された税額が多い
• 災害や盗難などで雑損控除等の対象になる可能性がある

国税庁は、確定申告が不要な給与所得者でも、医療費控除や住宅借入金等特別控除などにより還付申告ができると案内しています。参考：国税庁「給与所得者と電子申告」。

ふるさと納税のワンストップ特例を使った人は、確定申告するとき要注意

ふるさと納税でワンストップ特例を申請していても、医療費控除や副業所得など別の理由で確定申告をすると、ワンストップ特例の申請は無効になります。そのため、確定申告書には、ワンストップ特例を申請した自治体分も含め、ふるさと納税の寄附金控除を入力する必要があります。

「ワンストップ申請済みだから寄附分は申告しなくてよい」と考えると、控除が正しく反映されない可能性があります。国税庁の「ふるさと納税（寄附金控除）」でも、確定申告を行う場合はワンストップ特例が無効になると案内されています。

20万円以下なら何もしなくてよい？住民税は別に確認する

所得税の「給与以外の所得が20万円以下なら一定条件で確定申告不要」という制度は、住民税の申告義務まで一律に免除するルールではありません。所得税の確定申告をしない場合でも、住民税については申告が必要になることがあります。

住民税の扱いは居住する市区町村で確認してください。特に副業所得があるのに所得税の確定申告をしない人は、自分の自治体の「住民税申告」案内を確認しておくと安心です。

株式・投資信託の利益がある場合は口座の種類で扱いが変わる

証券会社の「特定口座（源泉徴収あり）」で上場株式等の譲渡益があり、その利益について確定申告をしない選択ができる場合は、給与所得者の20万円判定に含めない扱いがあります。一方、一般口座や源泉徴収なしの特定口座、損益通算・繰越控除を利用したい場合などは、状況に応じて申告が必要または有利になることがあります。

配当や株式譲渡は課税方式の選択によって結果が変わるため、「利益が20万円以下だから申告不要」と一括判断せず、口座区分と取引内容を確認してください。

自分が確定申告対象かを5分で確認するチェックリスト

• 源泉徴収票の「支払金額」が2,000万円を超えていないか
• 本業以外の給与を受け取っていないか
• 副業、業務委託、不動産、暗号資産などの所得がないか
• 副業は「売上」ではなく「所得」で20万円を超えていないか
• 海外企業など、源泉徴収されない給与がないか
• 同族会社から給与以外の利子・賃貸料等を受けていないか
• 医療費控除や住宅ローン控除初年度など、還付申告をする予定がないか
• ふるさと納税のワンストップ特例を使った後に確定申告する予定がないか

1つでも該当する項目があれば、源泉徴収票、支払調書や取引履歴、経費資料、控除証明書などをそろえて確認しましょう。国税庁の「確定申告」では、申告が必要な人・不要な人の基本的な考え方を確認できます。

会社員の確定申告で失敗しやすいポイント

副業の入金額だけで20万円を判定する

20万円基準は、多くの場合、必要経費を差し引いた「所得」で見ます。ただし、給与として受け取った副業は給与収入として扱うなど、所得区分によって計算方法が異なります。

20万円以下の所得を、還付申告でも記載しない

確定申告を行うなら、20万円以下を理由にその所得だけを省略することはできません。医療費控除などのために申告する年は特に注意してください。

ふるさと納税のワンストップ特例がそのまま残ると思う

確定申告をするとワンストップ特例は無効になります。寄附分を確定申告に含め直します。

所得税だけ見て住民税の手続きを忘れる

所得税の確定申告が不要でも、住民税の申告が必要な場合があります。自治体の案内まで確認して、手続き漏れを防ぎましょう。

まとめ：会社員は「年末調整で完結しているか」を基準に考える

会社員でも、給与収入が2,000万円を超える、副業などの所得が20万円を超える、2か所以上から給与を受ける、源泉徴収されない給与がある、といった場合には確定申告が必要になる可能性があります。一方、医療費控除や住宅ローン控除初年度などは、申告義務というより還付や控除を受けるために行うケースです。

判断するときは「会社員だから不要」「副業20万円以下だから絶対不要」と単純化せず、給与の支払元、所得区分、源泉徴収の有無、申告する他の理由までまとめて確認することが大切です。本記事は一般的な整理であり、個別取引や海外所得、株式・暗号資産、会社との特殊な取引などでは課税関係が変わることがあります。迷う場合は国税庁の最新案内や税務署、税理士等に確認してください。