医療費控除とふるさと納税は一緒に申告できる？ワンストップ特例の注意点と確定申告の確認方法

「ふるさと納税はワンストップ特例で手続きを済ませたのに、あとから医療費控除を受けたいことに気づいた」「医療費控除とふるさと納税を同じ確定申告に入れてよいのか分からない」。この組み合わせで迷う人は少なくありません。

結論から言うと、医療費控除とふるさと納税は、同じ年分の確定申告で一緒に申告できます。ただし、医療費控除を受けるために確定申告をすると、その年分について申請していた「ふるさと納税ワンストップ特例」は無効になります。そのため、ワンストップ特例を申請済みの寄附も含め、その年のふるさと納税をすべて確定申告に入れ直す必要があります。

この記事では、2026年9月時点で確認できる国税庁の公式情報を基準に、何を準備し、どの順番で確認すればよいか、どこで間違いやすいか、申告後に何を見れば結果を確認できるかを整理します。

医療費控除とふるさと納税は同時に申告できる

医療費控除は、一定額を超える医療費を支払った場合に所得から差し引ける「所得控除」です。国税庁によると、その年の1月1日から12月31日までに、自分または生計を一にする配偶者・親族のために支払った医療費が一定の条件を満たす場合に対象になります。

一方、ふるさと納税は自治体への寄附で、一定の限度額まで、寄附額から2,000円を差し引いた部分について所得税と翌年度の個人住民税から控除される仕組みです。確定申告では「寄附金控除」として扱います。

つまり、両者は同じ控除ではありません。医療費控除と寄附金控除を、それぞれ必要な欄に入力して一つの確定申告書を完成させます。制度の概要は、国税庁の「医療費を支払ったとき（医療費控除）」と「ふるさと納税（寄附金控除）」で確認できます。

一番重要な注意点：医療費控除で確定申告するとワンストップ特例は無効になる

ここが最も間違いやすい点です。ふるさと納税ワンストップ特例は、原則として確定申告をしない給与所得者などが、寄附先が5団体以内などの条件を満たした場合に利用できる制度です。

しかし、医療費控除を受けるために確定申告をすると、すでに提出していたワンストップ特例の申請はその年分について無効になります。国税庁も、医療費控除などのために確定申告する場合には、ワンストップ特例を申請済みの寄附を含めて、ふるさと納税の金額を寄附金控除の計算に入れる必要があると案内しています。

たとえば、A市・B市・C町の3自治体にふるさと納税を行い、3自治体すべてにワンストップ特例を申請したとします。その後、医療費控除を受けるため確定申告をする場合、「医療費控除だけを追加して、ふるさと納税はワンストップ特例のまま」という扱いにはできません。A市・B市・C町への寄附をすべて確定申告に含めます。

国税庁の「ふるさと納税をされた方とワンストップ特例制度」にも、医療費控除を受けるために確定申告するケースが具体例として示されています。

まず準備するものを分けて整理する

一緒に申告するときは、最初から「医療費関係」と「ふるさと納税関係」を分けて準備すると入力漏れを減らせます。必要書類は申告方法やデータ連携の利用状況によって変わりますが、考え方は次のとおりです。

医療費控除で確認するもの

• その年に実際に支払った医療費
• 生命保険の入院給付金、高額療養費など、医療費を補てんする金額
• 医療費通知（医療費のお知らせ）が利用できる場合はその内容
• 医療費通知に含まれない通院費や医療費があれば、その記録や領収書
• 医療費控除の明細書を作るために必要な情報

通常の医療費控除額は、原則として「実際に支払った医療費－保険金などで補てんされる金額－10万円」で計算し、総所得金額等が200万円未満の場合は10万円の代わりに総所得金額等の5％を使います。控除額の上限は200万円です。

医療費控除を受ける場合、原則として「医療費控除の明細書」が必要です。領収書そのものを申告書に添付する方式ではありませんが、明細書の内容確認のために税務署から提示・提出を求められることがあるため、対象となる領収書は原則5年間保存します。詳しくは国税庁の「医療費控除に関する手続について」を確認してください。

ふるさと納税で確認するもの

• その年に寄附した自治体をすべて洗い出した一覧
• 各自治体への寄附額
• 寄附金受領証明書、または利用可能な寄附金控除に関する証明書
• ワンストップ特例を申請した自治体も含め、漏れがないかの確認

令和3年分以降の確定申告では、ふるさと納税について、自治体からの寄附金受領証明書に代えて、国税庁長官が指定した特定事業者が発行する「寄附金控除に関する証明書」を利用できる場合があります。申告方法に応じて使えるデータや書類を確認してください。

申告は「医療費」と「寄附金」を別々に入力し、最後に一つの申告書にまとめる

確定申告書等作成コーナーやe-Taxを利用する場合、実務上は次の順番で確認すると分かりやすくなります。画面名や表示位置は年度や入力内容によって変わることがあるため、ここでは固定のボタン名ではなく、確認すべき内容を中心に説明します。

1. 医療費控除の対象額を整理する

まず、医療費の総額をそのまま控除額だと思わないことが重要です。保険金や高額療養費などで補てんされた金額を差し引き、さらに10万円または総所得金額等の5％のいずれか該当する基準額を差し引いて、医療費控除額を求めます。

たとえば、年間に支払った対象医療費が18万円、保険金などによる補てんが3万円、総所得金額等が200万円以上なら、計算上の医療費控除額は「18万円－3万円－10万円＝5万円」です。18万円全額が所得から差し引かれるわけではありません。

2. ふるさと納税はワンストップ申請分も含めて全件入力する

次に、その年に行ったふるさと納税をすべて入力します。ワンストップ特例を申請した自治体だけ除外するのは誤りです。確定申告をする時点でワンストップ特例は無効になるため、寄附先・寄附額を漏れなく確定申告側へ反映します。

確定申告でふるさと納税の控除を受ける場合、所得税の「寄附金控除」だけでなく、住民税に関する事項にも正しく反映されることが重要です。国税庁は、確定申告書第二表の「住民税に関する事項」の「都道府県、市区町村への寄附（特例控除対象）」欄などが適切に記載されていないと、個人住民税の賦課決定時に控除されないことがあると注意喚起しています。

3. 還付額だけで正否を判断しない

医療費控除とふるさと納税を同時に申告すると、所得税の還付額や納付額だけを見て「ふるさと納税が全部戻っていない」と感じることがあります。しかし、ふるさと納税の控除は所得税だけで完結する制度ではありません。所得税の寄附金控除と、翌年度の住民税の基本分・特例分に分かれて反映されます。

したがって、確定申告直後の所得税の還付額だけを見て、ふるさと納税の控除結果全体を判断するのは適切ではありません。申告書の寄附金控除と住民税に関する事項が正しく入力されていることを確認し、その後、翌年度の住民税の決定内容も確認するのが安全です。

医療費控除を受けると、ふるさと納税の上限目安が変わることがある

ここは「一緒に申告できるか」とは別の論点ですが、実際の負担額に影響するため重要です。ふるさと納税は、どれだけ寄附しても必ず自己負担2,000円だけになるわけではありません。所得税・住民税の計算上、控除できる金額には上限があります。

国税庁によると、ふるさと納税の住民税特例分には、住民税所得割額に基づく上限があります。医療費控除は所得控除なので、適用によって課税所得や住民税の所得割額が変わり、結果として、自己負担が2,000円に収まる寄附額の目安が変わる場合があります。

つまり、寄附をした時点で試算した上限額が、医療費控除を加えた後も必ず同じとは限りません。医療費控除額が大きい年や、住宅ローン控除など他の控除もある年は、確定申告時の最終的な所得・控除を使って再確認する方が確実です。

よくある失敗と、簡単な順にできる対処

ワンストップ特例を申請したから、ふるさと納税は入力しなくてよいと思った

医療費控除のために確定申告するなら、その考え方は使えません。まず、その年に寄附した自治体と寄附額を一覧にし、ワンストップ特例申請済み分も含めて全部入力します。これが最初に直すべきポイントです。

医療費の領収書の合計を、そのまま医療費控除額にした

医療費控除には、保険金などで補てんされる金額や、10万円または総所得金額等の5％という基準があります。作成コーナーの入力結果や医療費控除の明細書で、最終的な「控除額」がどう計算されているか確認します。

ふるさと納税の寄附金控除は入れたが、住民税に関する事項を確認していない

所得税側だけ合っていても、住民税側の情報が不足すると意図した控除にならない可能性があります。提出前に、ふるさと納税額が住民税の寄附金税額控除に関する項目へ反映されていることを確認してください。

寄附額の上限を前年の年収だけで判断した

前年と今年で収入、扶養、社会保険料、医療費控除、住宅ローン控除などが変われば、ふるさと納税の控除上限の目安も変わり得ます。寄附済みの場合でも、確定申告時点で最終条件を確認し、自己負担が2,000円を超える可能性がないか把握しておくと安心です。

申告後に自分で確認するポイント

送信が完了しただけではなく、申告内容が想定どおりになっているかを確認するところまでが大切です。次の順番で見ると確認しやすくなります。

• 医療費控除：支払医療費、補てん金額、最終的な医療費控除額が想定どおりか。
• 寄附金控除：その年のふるさと納税が、ワンストップ申請分を含めて全件反映されているか。
• 住民税関係：ふるさと納税の金額が住民税に関する事項へ反映されているか。
• 提出結果：e-Taxの場合は送信結果・受信通知を保存し、申告書の控えも保管しているか。
• 翌年度の住民税：住民税の通知で寄附金税額控除が反映されているか。表示名は自治体により異なるため、不明な場合は住所地の市区町村へ確認する。

この5点がそろっていれば、少なくとも「医療費控除だけ申告して、ふるさと納税を落としてしまった」という典型的なミスは避けやすくなります。

すでに申告して、ふるさと納税を入れ忘れた場合はどうする？

ワンストップ特例を申請していた人が、医療費控除のために確定申告したにもかかわらず、ふるさと納税の寄附金控除を入れ忘れるケースは実際に起こり得ます。国税庁は、この場合、要件を満たせば「更正の請求」により寄附金控除の適用を受けられることがあると案内しています。

ただし、寄附金控除を適用しても所得税等の額に異動がない場合など、更正の請求では処理できず、住民税について住所地の市区町村へ相談が必要になるケースもあります。提出後にミスに気づいた場合は、自己判断で同じ申告を重ねて送信するより、国税庁の案内や所轄税務署、市区町村の窓口で訂正方法を確認する方が安全です。

まとめ：医療費控除を申告するなら、ふるさと納税も同じ確定申告にまとめる

医療費控除とふるさと納税は、一つの確定申告で同時に申告できます。重要なのは、「医療費控除のために確定申告をすると、その年分のワンストップ特例は無効になる」という点です。

そのため、ワンストップ特例を申請済みであっても、その年のふるさと納税をすべて寄附金控除として確定申告に含めます。医療費控除は医療費控除の明細を確認し、ふるさと納税は寄附先・寄附額と住民税に関する事項を確認します。

申告後は、所得税の還付額だけで判断せず、申告書の控え、e-Taxの受信通知、翌年度の住民税通知まで確認すると、結果をより正確に追えます。制度や画面は年度によって変わる可能性があるため、提出時には国税庁の最新案内を確認してください。

公式情報

• 国税庁「医療費を支払ったとき（医療費控除）」
• 国税庁「医療費控除に関する手続について」
• 国税庁「ふるさと納税（寄附金控除）」
• 国税庁 確定申告書等作成コーナー「ふるさと納税をされた方とワンストップ特例制度」