医療費控除はいくらから確定申告できる？10万円未満でも対象になる条件と計算方法

「医療費が10万円を超えたら確定申告できる」と覚えている人は多いですが、正確には少し違います。通常の医療費控除では、1年間に実際に支払った対象医療費から保険金などで補てんされた金額を差し引き、さらに10万円または総所得金額等の5％のうち少ない方を差し引いた残額が控除対象になります。

つまり、総所得金額等が200万円未満の人は、医療費が10万円に届かなくても医療費控除を受けられる可能性があります。逆に、病院や薬局で年間10万円以上を支払っていても、保険金や高額療養費などで多く補てんされていれば、控除額がゼロになることもあります。

この記事では、2026年9月時点で確認できる国税庁の公式情報を基に、「いくらから申告できるのか」「自分はいくら控除できるのか」「何を医療費に含めてよいのか」を、判断に必要な順番で整理します。

医療費控除はいくらから確定申告できる？

結論からいうと、控除対象になる金額は次の式で計算します。

医療費控除額 ＝ その年に支払った対象医療費 － 保険金などで補てんされる金額 － 10万円

ただし、その年の総所得金額等が200万円未満の場合は「10万円」ではなく「総所得金額等の5％」を差し引きます。医療費控除額の上限は200万円です。

国税庁の「医療費を支払ったとき（医療費控除）」でも、2026年4月1日現在の法令等としてこの計算方法が案内されています。一次情報は国税庁「No.1120 医療費を支払ったとき（医療費控除）」で確認できます。

「医療費10万円以上」が絶対条件ではない？

はい。10万円はすべての人に共通する最低ラインではありません。

たとえば、その年の総所得金額等が150万円なら、基準額は150万円×5％＝7万5,000円です。保険金等で補てんされない対象医療費が9万円なら、9万円－7万5,000円＝1万5,000円が医療費控除額になります。

このケースでは、医療費は10万円未満でも控除対象です。

一方、総所得金額等が300万円なら基準額は10万円です。対象医療費が9万円なら、通常の医療費控除額は発生しません。

ここでいう「総所得金額等」とは？

「総所得金額等」は単純な年収や給与収入そのものではありません。給与所得者なら、給与収入から給与所得控除を差し引いた給与所得を基礎に、他の所得も含めて税法上のルールで計算します。

そのため、「年収200万円未満なら必ず5％」と単純化するのは正確ではありません。基準になるのは年収ではなく、国税庁がいう総所得金額等です。

自分の控除額はいくら？具体例で確認

例1：医療費18万円、保険金3万円、所得300万円の場合

年間の対象医療費が18万円、入院給付金などの補てんが3万円、総所得金額等が300万円とします。

18万円－3万円－10万円＝5万円

この5万円が医療費控除額です。5万円がそのまま税金として戻るわけではありません。医療費控除は「所得控除」なので、課税所得を5万円減らす仕組みです。実際の所得税の還付額は、その人の税率やすでに源泉徴収された税額などで変わります。

例2：医療費9万円、所得150万円の場合

保険金等による補てんがなく、総所得金額等が150万円なら基準額は7万5,000円です。

9万円－7万5,000円＝1万5,000円

「10万円を超えていないから対象外」と判断すると、控除を見落とすことになります。

例3：医療費20万円でも高額療養費が12万円なら？

対象医療費20万円に対し、高額療養費などで12万円が補てんされたとします。補てん後の負担額は8万円です。

総所得金額等が200万円以上なら、8万円－10万円となるため医療費控除額は0円です。

重要なのは、窓口で払った総額ではなく、最終的に自己負担した対象医療費で判断することです。

保険金や高額療養費はどこまで差し引く？

国税庁は、生命保険の入院給付金、健康保険の高額療養費、家族療養費、出産育児一時金など、医療費を補てんする目的で受け取る金額を差し引くよう定めています。

ただし、補てん金は「その給付の対象となった医療費」を限度として差し引きます。たとえば、特定の入院費10万円に対して15万円の入院給付金を受け取っても、余った5万円を別の歯科治療費や通院費から差し引く必要はありません。

また、確定申告時点で保険金等の額がまだ確定していない場合には、国税庁は見込額で計算し、後日実際の金額と異なった場合は申告内容を訂正するよう案内しています。

家族の医療費も合算できる？

できます。医療費控除は、納税者本人だけでなく、自己と生計を一にする配偶者やその他の親族のために支払った医療費も対象になります。

「生計を一にする」は、必ずしも同居していることだけを意味しません。たとえば、進学のため別居している子どもに継続的に生活費を送っている場合など、生活費を共通にしている実態があれば対象になることがあります。

家族それぞれの医療費が10万円を超えている必要もありません。条件を満たす家族分をまとめて、その納税者が実際に支払った医療費として計算します。

誰が申告するのがよい？

税額への影響は、誰が医療費を支払ったか、その人の所得や適用税率などで変わります。「家族の中で一番所得が高い人が必ず申告すれば得」と単純に決めるのではなく、実際にその医療費を負担した人を基準に判断してください。

どんな費用が医療費控除の対象になる？

医療費控除の対象は、単に「健康のために使ったお金」ではありません。国税庁は、治療や診療に直接必要な費用を中心に対象範囲を定めています。

代表的には次のようなものがあります。

• 医師・歯科医師による診療や治療の費用
• 治療のために必要な医薬品の購入費
• 通院のために通常必要な電車・バスなどの交通費
• 入院時に通常必要な部屋代・食事代
• 治療上必要な一定の医療器具の購入・賃借費
• 一定の介護保険サービスの自己負担額

対象範囲の詳細は国税庁「No.1122 医療費控除の対象となる医療費」で確認できます。

通院の交通費は対象？車のガソリン代は？

電車やバスなど、診療を受けるために通常必要な公共交通機関の費用は医療費控除の対象になり得ます。

一方、自家用車で通院した場合のガソリン代や駐車場料金は対象外です。タクシー代も原則として対象外ですが、病状などから電車やバスを利用できない場合には、対象になることがあります。

交通費は領収書が出ないこともあるため、日付、医療機関名、利用した交通機関、金額を記録しておくと明細書を作成しやすくなります。

健康診断や予防目的の費用も対象？

原則として、健康診断や人間ドックなど、病気の予防や健康状態の確認だけを目的とする費用は通常の医療費控除の対象ではありません。同様に、健康増進目的のビタミン剤やサプリメントなども一般には対象になりません。

ただし、健康診断で重大な疾病が発見され、そのまま治療につながった場合など、個別の条件で取り扱いが変わることがあります。判断に迷う費用は、国税庁の医療費控除対象一覧や所轄税務署で確認してください。

医療費控除とセルフメディケーション税制、どちらを選ぶ？

医療費が10万円に届かない人は、セルフメディケーション税制も確認する価値があります。

セルフメディケーション税制は通常の医療費控除の特例です。健康の保持増進・疾病予防のために一定の取組を行っている人が、対象となる特定一般用医薬品等を購入した場合、年間購入額のうち1万2,000円を超える部分を所得から控除できます。控除額の上限は8万8,000円です。

ただし、通常の医療費控除とセルフメディケーション税制は同じ年に両方使うことはできません。どちらか一方を選択します。

国税庁は、いったんどちらかを選んで確定申告した後、修正申告や更正の請求によってもう一方へ変更することはできないと案内しています。申告前に両方を試算して比較するのが安全です。

制度の詳細は国税庁「No.1131 セルフメディケーション税制と通常の医療費控除との選択適用」で確認できます。

確定申告すると医療費の全額が戻る？

戻りません。ここは特に誤解しやすいところです。

医療費控除は、支払った医療費を国が払い戻す制度ではなく、所得税を計算する際の「所得控除」です。控除額の分だけ課税対象となる所得を減らし、その結果として所得税や住民税の負担が軽くなる可能性があります。

たとえば医療費控除額が5万円あっても、5万円がそのまま現金で戻るわけではありません。

さらに、給与から源泉徴収された所得税や予定納税がもともと0円なら、所得税の還付申告をしても「払い過ぎた所得税」がないため所得税の還付は発生しません。国税庁もこの点を「No.2030 還付申告」で明示しています。

年末調整をした会社員も医療費控除の申告が必要？

年末調整では通常、医療費控除は処理されません。会社員が医療費控除を受けたい場合は、自分で確定申告または還付申告を行います。

給与所得だけで通常は確定申告義務がない人でも、医療費控除を適用することで源泉徴収された所得税が戻る場合は、還付申告をすることができます。

いつまで遡って申告できる？

確定申告義務のない給与所得者などが還付申告をする場合、その年分の翌年1月1日から5年間提出できます。

たとえば、2025年分（令和7年分）の還付申告は、国税庁の案内では2026年1月1日から2030年12月31日まで提出できます。

「確定申告期間を過ぎたからもう医療費控除は使えない」と思い込まず、還付申告に該当するなら期限を確認してください。ただし、すでに確定申告を提出済みで後から医療費控除を追加する場合などは、更正の請求など別の手続になることがあります。

申告には領収書を全部提出する？

現在の医療費控除では、原則として「医療費控除の明細書」を確定申告書に添付します。医療費通知を利用すると明細書の記載を簡略化できる場合もあります。

通常は領収書そのものを確定申告書に添付するのではなく、自宅で保存します。国税庁は、明細書の内容を確認するために税務署から提示・提出を求められることがあるため、該当する領収書を5年間保存するよう案内しています。

マイナポータル連携を利用できる医療費情報については、確定申告書等作成コーナーへデータを取り込める場合があります。ただし、交通費やデータに含まれていない医療費などは別途追加が必要になることがあるため、「自動連携された金額＝年間の対象医療費のすべて」とは限りません。

申告する前に何を確認すればいい？

• 1月1日から12月31日までに実際に支払った医療費だけを集計したか。
• 未払いの医療費をその年の支払額に含めていないか。
• 本人だけでなく、生計を一にする家族の対象医療費も確認したか。
• 生命保険の入院給付金、高額療養費、出産育児一時金などを差し引いたか。
• 総所得金額等が200万円未満なら「10万円」ではなく「所得の5％」で計算したか。
• 健康診断、予防目的の費用、自家用車のガソリン代など対象外の支出を除いたか。
• 通常の医療費控除とセルフメディケーション税制を比較したか。
• 医療費控除額と実際の還付額を混同していないか。

結局、医療費はいくらなら申告を検討すべき？

総所得金額等が200万円以上なら、まず「保険金などを差し引いた後の対象医療費が年間10万円を超えているか」を確認するのが目安です。

総所得金額等が200万円未満なら、10万円を待つ必要はありません。総所得金額等の5％を超えた時点で通常の医療費控除が発生する可能性があります。

また、医療費が通常の控除ラインに届かなくても、対象OTC医薬品の購入が多い人はセルフメディケーション税制が使える可能性があります。

最終的には、「医療費の総額」だけではなく、所得、保険金等の補てん額、対象・対象外の区分をそろえて計算することが大切です。2026年9月時点の制度確認には、国税庁の医療費控除ページを基準にすると確実です。